《忍者神龟5》游戏故事讲述忍者神龟们发现了变种物质的洩漏之处，但史莱德同时也发现这一秘密，於是他们之间又展开了新一轮的战斗，而忍者神龟们也在战斗中得到了提高。游戏的平衡性也有了比较高的改动。

　　忍者神龟5是一款激龟快打，也被称为忍者神龟的格斗版第一部作品。各式各样的怪物与4只小乌龟，甚至还加入了女性角色，让这款格斗游戏有了更多的卖点。