《忍者神龟3 - 曼哈顿计划》美版是FC首发作品，没有街机版。日版名为《忍者神龟2：曼哈顿计划》，美版则去掉了日版的选关和更改接关次数秘籍，主菜单调整难度和生命数的选项变为隐藏。

　　3代的画面和音乐极佳，达到了FC极限水平，BOSS数量从前作的9个增至12个，阵容豪华为历代之最，流程也长。3代发售时，SFC已经登场，FC显露疲态，KONAMI却没有敷衍8位机市场，拿出了一款值得称道的原创续作，给FC末期的玩家留下美好回忆。