《忍者神龟2：曼哈顿计划》是第二款神龟游戏，于1989年末登陆街机，街机版的标题依然是《忍者神龟》，没有数字和副标题，1990年末推出FC版，美版标题为《忍者神龟2：街机游戏》，表明街机移植的出身，日版标题为《忍者神龟：超级龟忍者》，从这一作开始，美版家用机的序号比日版多一代。

　　本作取消了ARPG元素，变为纯粹卷轴清版过关游戏。